Hvor gode er genene?

Hvor gode er genene?

Grisens genom ble ferdig kartlagt i 2009 og vi har etter hvert fått store mengder DNA-informasjon tilgjengelig fra Norsvins egne griser. Dette benyttes nå i stor skala både i avlsarbeidet og i forskningsprosjekter, for å produsere den beste svinegenetikken for framtida.

Hvor gode gener har et dyr? Hvilke dyr har de beste egenskapene og kvalifiseres til bruk videre i avlsarbeidet? Tre faktorer er viktige for å avgjøre dette: dataregistrering av fenotyper, genotyper og slektskap. Fenotypen er egenskapen til dyret, for eksempel kullstørrelse, kjøttprosent, intramuskulært fett eller tilvekst. Genotypen er de variantene av gener som dyret har, og som igjen er med på å forklare hvor gode egenskapene til dyret blir.

Mottar alle søsken samme DNA fra mor og far?

Når man beregner avlsverdien til et dyr gjennom tradisjonell avlsverdiberegning, uten genotypen til dyret, bruker man et antatt slektskap for å bestemme hvor stor vekt fenotypene fra slektninger skal tillegges i dyrets avlsverdi. Slektskapet mellom dyr beregnes da ut fra stamtavlen, ved at en bruker gjennomsnittet i popoulasjonen for å si noe om hvor mye de ulike slektningene deler av genvarianter. Man vet f.eks. at helsøsken i gjennomsnitt har 50 % felles genvarianter og at halvsøsken deler 25 % av genene osv.

Et mer nøyaktig slektskap

Avkommene arver forskjellige segmenter av mor og fars arvemateriale. Dette gjør at man for eksempel ikke nødvendigvis har 50 % felles gener med helsøsken, men kanskje 40 eller 60 %. Når man genotyper et individ, leser man av DNA på bestemte steder der det er variasjon mellom individer, såkalte SNP’er. Disse SNP’ene er jevnt fordelt utover alle kromosomene, og ved å sammenligne alle genotypene fra ulike individer, kan man beregne det genomiske slektskapet mellom individene. Når man erstatter det antatte slektskapet med et mer nøyaktig genomisk slektskap får man en riktigere vekting av fenotyper til andre individer inn i avlsverdien og dermed sikrere avlsverdier.

Kull

Hvor like er kullsøsken egentlig, rent genetisk? Genomanalyse gir et mer nøyaktig slektskap, og dermed sikrere avlsverdier (foto: Norsvin/Frank Holm). 

Utnytter alle data

I Norsvin bruker vi en såkalt ett-trinns metode hvor man utnytter genotypeinformasjonen inn i beregninga av avlsverdier for både genotypa og ikke-genotypa dyr. Det benyttes et genomisk slektskap mellom de genotypa dyra og et tradisjonelt, antatt slektskap mellom ikke-genotypa dyr. Når man utnytter all informasjon fra både stamtavle, genotyper og dataregistreringer i en og samme avlsverdiberegning, utnytter man alle tilgjengelige data på bortimot en optimal måte. Totalt 27 forskjellige egenskaper for Norsvin Landsvin og 16 for Duroc vektes sammen til en avlsverdi. Denne brukes som kriterium for seleksjon av de beste dyrene som foreldre til neste generasjon. Implementering av genomisk avlsverdi har økt den genetiske framgangen betydelig, sammenliknet med avlsverdier der vi ikke hadde denne informasjonen tilgjengelig.

Artikkelen er hentet fra Norsvin SAs årsmagasin for 2017, og er skrevet av Forskningssjef i Norsvin, Eli Grindflek.